ФИЦ ИУ РАН закреплён в качестве базового предприятия для следующих кафедр:
- Кафедра системных исследований (Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет).
- Кафедра интеллектуальных систем (Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет).
- Кафедра математического моделирования сложных систем и оптимизации (Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет).
- Кафедра интеллектуальных технологий системного анализа и управления (Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики»).
- Кафедра прикладных информационно-коммуникационных средств и систем (Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики»).
