Один из ведущих институтов Российский академии наук — Вычислительный центр был создан в соответствии с постановлением Президиума АН СССР № 30 от 14 января 1955 года. Его директором был назначен академик Анатолий Алексеевич Дородницын. Имя своего основателя, Героя Социалистического Труда, лауреата Ленинской и трех Государственных премий СССР, институт получил в 2000 году.
Концепция развития ВЦ РАН изначально была основана на сочетании фундаментальных исследований в области вычислительной математики, информатики и математического моделирования с их приложениями к решению важных народно-хозяйственных задач, а также на организации массовых вычислений для академических институтов в режиме коллективного пользования. C 2015 года ВЦ РАН входит в состав ФГУ "Федеральный исследовательский центр "Информатика и управление" Российской академии наук" (ФИЦ ИУ РАН).